出天王殿，即見華藏殿，是入門的第二進殿。千佛山菩提寺的華藏殿，啟用於民國八十三年七月盂蘭盆無遮普施水陸大法會。
殿內供奉華嚴三聖，中央本尊為毗盧遮那佛，成佛如來圓具三身，毗盧遮那佛即為釋迦如來的清淨法身體，為真如法界境相，也就是密教中的本尊－即大日如來。右侍為乘象騎的普賢菩薩，主理門；左侍為乘獅騎的文殊菩薩，主智門。
千佛山方丈上白下雲老和尚不僅是禪宗的成就者，也是梵密的成就者；華藏殿的建立，不僅象徵著一個信佛、學佛、可以成佛者所追求的理智完備、光明遍照的真如覺界；同時也傳達著一個訊息：佛法不離世間覺，老禪師弘佈正法，引領眾生行於覺道，表現的是理事圓融無礙的行持與智慧；另外，也算是雲公上人對千佛山行者的教誨和期待吧！
