民國五十六年九月三日，菩提寺正殿──三寶殿奠基，此即最初之大雄寶殿，也是當時唯一的硬體建築。
民國六十二年老禪師因德養遠播，應寺眾之懇請而來山駐錫，同年的九月十九日舉行晉山大典。民國七十三年五月六日，菩提寺建設規模底定，三寶殿乃正式慶祝落成，舉行慶祝落成大法會，禮梁皇寶懺七永日。
三寶殿內供奉的是三寶尊佛，正中為釋迦牟尼佛，為娑婆世界的教主，是教化五濁惡世堪忍苦海的眾生之佛；中尊之左為藥師如來佛，為東方琉璃世界的教主，是救度病傷諸苦之佛；中尊之右為阿彌陀佛，是西方極樂世界的教主，為接引眾生離苦得樂之佛。
三寶尊佛，關係眾生的切身利害，告訴我們眼前的現實生活中，如何活得更好，教導我們於身、於心的健康之道，更導引眾生於此生之後該往何處去？寺院中設三寶殿，供眾生祈敬，頗具親和力與加持力，可以滿足眾生祈求禮敬的實際效益，可以說是最富精神安撫之力了──於生之明了、於病之加護、於死之往生；亦即了生，有釋迦如來的教化；病傷，有藥師如來的加護；脫死，有彌陀如來的接引，故稱之為覆護眾生，滿所求願的三寶尊佛。
